Parafia Mikluszowice leży nad Rabą, w północnej części Puszczy Niepołomickiej. Została założona prawdopodobnie już w XII w. Wczesną metrykę parafii potwierdza m.in. patronat św. Jana Chrzciciela. Poprzednik Jezusa Chrystusa był głównym patronem chrystianizowanych krajów i najstarszych kościołów. Często kościoły pod jego wezwaniem znajdowały się nad brzegami rzek lub na wzniesieniach. Oba warunki spełniały dawne kościoły w Mikluszowicach. Położenie kościoła świętojańskiego nad rzeką może świadczyć o dawnych miejscach kultu pogańskiego. Jedynym wzniesieniem w Mikluszowicach jest Góra św. Jana znajdująca się na lewym brzegu Raby. Tutaj właśnie stały stare kościoły w Mikluszowicach. Z tym miejscem związana jest legenda o bożku Miklosie, z którym miejscowa ludność łączy nazwę Mikluszowice. Źródła pisane wymieniają parafię dopiero w 1326 r. Dokument, o którym mowa, to rachunek świętopietrza. Zresztą jest on również metryką źródłową samej osady. Nie wiadomo, kto był fundatorem kościoła. W XIV i XV w. Mikluszowice, jak i okoliczne wioski znajdowały się w rękach rycerskich. Nie ma powodu, by sądzić, że wcześniej było inaczej. Wg ks. B. Kumora dawniej okręg parafialny fundowany przez średnie rycerstwo obejmował kilka posiadłości rycerskich. Ponieważ kościół był budowany wspólnymi siłami, to wspólne było też prawo prezenty i patronatu. Pierwsza wzmianka o budynku kościelnym pochodzi z 1440r. Jan Długosz napisał o nim jedynie, że był drewniany. Musiał jednak zostać zburzony, bądź strawiony przez pożar, bowiem w 1455 r. cieśla Maciej Mączka zobowiązał się wobec właściciela Mikluszowic -Mikołaja Cikowskiego, wybudować kościół. Został on wzniesiony, gdyż znowu Długosz pisał w 1470 r., że w Mikluszowicach stoi kościół drewniany. Nowy budynek musiał być piękny, jak na owe czasy, gdyż sam Mączka otrzymał wkrótce tytuł cieśli królewskiego. O jego kunszcie można się przekonać oglądając kościół św. Bartłomieja w Mogile. Kościół wybudowany przez M. Mączkę w Mikluszowicach nie dotrwał do naszych czasów, gdyż w 1653 r. strawił go pożar. Przyczyną jego wybuchu były prawdopodobnie działania wojenne XVII w., które nie ominęły i tych okolic. W tym samym roku rozpoczęto budowę nowego kościoła. Jego fundatorem był starosta niepołomicki - Książę Aleksander Lubomirski. Budynek został konsekrowany w 1666 r. przez bp Mikołaja Oborskiego i służył wiernym prawie dwa wieki. 27 czerwca 1832 r. kościół spalił się doszczętnie. Kilka przedmiotów z płonącego obiektu wynieśli Piotr Gawłowicz i Jan Kłosiński. Z pożarem kościoła związane są dwie legendy. Pierwsza opowiada o postaci w czerni, która kilka dni przed tragedią, stała przed karczmą i ostrzegała chłopów wychodzących z kościoła po mszy, by nie wstępowali do karczmy, bo stanie się nieszczęście. Jednak nikt jej nie wierzył. O przestrodze przypomniano sobie dopiero w czasie pożaru. Wówczas ważyły się też losy dalszego bytu parafii mikluszowickiej. Wg tejże legendy, gdy kościół płonął, proboszcz w sąsiedniej parafii w Cerekwi wysłał swych parobków, by na pogorzelisku wetknęli krzyż. Miało to oznaczać włączenie obszarów parafii mikluszowickiej do parafii Cerekiew. Jednak niecny plan sąsiedniego proboszcza odkryli chłopi wyżyccy, którzy pierwsi wetknęli krzyż i tym samym uratowali parafię przed "zaborem cerekiewskim". Jest też podanie, które winą za pożar obarcza pewną rodzinę i kościelnego. Podobno w przeddzień pożaru, w kościele odbywał się chrzest, a po całej ceremonii rozradowani rodzice podarowali kościelnemu w podzięce za posługę alkohol. Kościelny nie wzgardził prezentem i wypił "flaszeczkę". Upojony alkoholem zapomniał pogasić świece, od których później zapalił się kościół. Chociaż legendy różnią się od siebie to obie wskazują na alkohol jako przyczynę tragedii. Po spaleniu kościoła na Górze św. Jana wybudowano kaplicę. W 1859 r. rozpoczęto budowę nowego kościoła, którą zakończono cztery lata później. Zmieniono lokalizację oraz materiał budowlany, z którego miała powstać świątynia. Już nie drewniany, a murowany stanął na północny zachód od Góry św. Jana. Został konsekrowany dopiero 28.06.1891 r. przez bp Ignacego Łoboza.

Obecny kościół nie ma wyraźnych cech stylowych. Przybrał józefińską, urzędową postać, preferowaną przez ówczesne władze. Był ciągle poddawany drobnym przeróbkom i remontom, by wreszcie przybrać dzisiejszą postać. Wnętrze kościoła posiada neobarokowy wystrój. Dzisiejsza polichromia figuralna została namalowana przez Waleriana Kasprzyka w 1964 r. Odnowiono ją w 1996 r. Kościół posiada XVI-wieczną figurę Chrystusa Zmartwychwstałego wykonaną w późnogotyckim stylu stwoszowskim. Jest też zabytkowa chrzcielnica z 1850 r. Wśród obrazów na uwagę zasługuje dzieło Walerego Eliasza Radzikowskiego z Janem Chrzcicielem i Janem Ewangelistą oraz Stanisława Fischera ze św. Józefem. Przy wejściu do kościoła, po południowej stronie w 1998 r. wzniesiono grotę Najświętszej Maryi Panny z Lourdes, której fundatorem jest Stanisław Przyborowski, zaś jej projektantem i wykonawcą - Andrzej Golemiec. Fundatorką figurki Matki Bożej jest Stanisława Dyba, a klęczącej u stóp Maryi - Bernadetty - Dziewczęca Służba Maryjna. Zaś po lewej stronie głównego wejścia do kościoła ustawiono rzeźbę wykonaną przez Józefa Pyrza. Rzeźba przedstawia Jezusa Chrystusa z Janem Chrzcicielem. Dużych rozmiarów trzy krople symbolizują chrzest. Ważną rolę w życiu każdej parafii pełnią dzwony. W kościele w Mikluszowicach są trzy: Jan, Stanisław i Maryja. Z dzwonami mikluszowickiego kościoła również związana jest legenda. Podobno, gdy na wieży kościelnej zakładano dzwon po raz pierwszy, to nadano mu imię Mikołaj, z czym jednak nie chciał się zgodzić sam zainteresowany i dzwonił: "Bim, bam - jam jest Św. Jan". Z wolą dzwonu nie chcieli się z kolei zgodzić parafianie oraz proboszcz parafii. Dzwon uporczywie dzwonił swoje imię, o czym nie chciano w ogóle słyszeć, dlatego z rozpaczy skoczył z wieży kościelnej z Góry św. Jana do Raby. Podobno czasem można usłyszeć z głębin rzeki jego żałosne dzwonienie. Od tej pory parafianie dają na imię przynajmniej jednemu z dzwonów imię Jan. W południowej części placu przykościelnego znajdują się groby pracujących w parafii w XIX w. księży. Cmentarz parafialny znajduje się na zachód od kościoła. Tutaj można znaleźć groby ludzi, którzy zasłużyli się nie tylko dla lokalnej społeczności, ale również dla kraju. Choćby dr Franciszek Bardei - minister rolnictwa w rządzie L. Skulskiego, współtwórca reformy rolnej i Małej Konstytucji. Tutaj leżą też żołnierze, którzy walczyli na różnych frontach niemal w całej Europie. Oddzielną kwaterę wydzielono żołnierzom armii austriackiej i rosyjskiej, którzy walczyli w okolicy w 1914 r. Obok nich pochowano żołnierza armii radzieckiej, który zginął podczas II wojny światowej. Na cmentarzu znajduje się wiele nagrobków z przełomu XIX i XX w., które wykonał znany, bocheński kamieniarz - W. Samek. Nie jest to jedyne miejsce pochówku w parafii. Wiadomo, że wcześniej cmentarz znajdował się na Górze św. Jana, w sąsiedztwie dawnych kościołów oraz w bezpośrednim sąsiedztwie dzisiejszego kościoła i zabudowań Sióstr Służebniczek.